Si les découvertes du site d'Aurignac, les fouilles de Gaulejac et de l'Abbé Breuil dans la région ont pu mettre en évidence la présence préhistorique sur les terrasses de la Garonne, la pleine occupation de la commune de Seysses remonte probablement à l'époque romaine. En effet, le compte-rendu des fouilles réalisées en 1986/87, au lieu-dit "Cartan", sur un site gallo-romain, fait état de la découverte des fondations d'une pièce d'habitation ou d'une structure thermale. Seysses, parfois orthographié Seiches ou Seisses, se situe sur l'ancienne voie romaine qui relie Tolosa (Toulouse) à Ludqdunum Convernarum ou Lyon de Comminges (Saint Bertrand).
La commune de Seysses qui, comme toute la région, fait partie de la province sénatoriale Narbonnaise, connaît de multiples invasions barbares après son abandon par Rome en 475. En 909, la région voit Guillaume 1er le Pieux, comte de Toulouse, s'arroger les titres de duc et marquis d'Aquitaine et de Gascogne mais le comté de Toulouse reste au seigneur d'Aquitaine.