Les six chapelles ouvrent chacune sur la nef par un arc en plein cintre qui occupe toute la largeur de la travée. Ces chapelles rectangulaires, larges de dix-huit pieds (5 m 79) et profondes de quatorze pieds six pouces (4 m 53) sont voûtées d'arêtes comme la nef et orientées à l'Est comme le sanctuaire. Dans deux d'entre elles, la chapelle Sainte Germaine et celle du Purgatoire, de fausses ogives ont été plaquées au XIXème sur les arêtes. Les six autels sont placés sur le côté et surmontés chacun d'un retable (partie supérieure d'un autel qui surmonte verticalement la table) formé de deux colonnes corinthiennes supportant un fronton courbe dépourvu d'ornements. Elles sont surélevées d'une marche par rapport à la nef. Les autels sont tous en marbre et de forme parallélépipédique.